Nakon završene srednje škole u Glazbenome učilištu Elly Bašić, Marko Magdalenić upisuje studij dirigiranja na Muzičkoj akademiji u Zagrebu u razredu maestra Pavla Dešpalja (1990.). Diplomirao je 1994. godine izvrsnim uspjehom. Nakon studija jedno vrijeme djeluje kao dirigent Simfonijskog puhačkog orkestra Oružanih snaga RH.

Zapošljava se u GU Elly Bašić gdje predaje predmete: Dirigiranje, Sviranje partitura, Orkestar, Komorna glazba i Korepeticija. Utemeljitelj je Gudačkog i Simfonijskog orkestra GU Elly Bašić s kojima je održao koncerte u Hrvatskoj i diljem Europe. Njegovi učenici dobitnici su brojnih nagrada na državnim i međunarodnim natjecanjima mladih glazbenika.

Od 2003. godine profesor je dirigiranja i srodnih kolegija na Institutu za crkvenu glazbu “Albe Vidaković” Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, a od njegova osnutka 2014. godine, stalni je dirigent Simfonijskog orkestra SO-DO, El Sistema Hrvatska.

Surađivao je sa Simfonijskim orkestrom HRT, Simfonijskim puhačkim orkestrom Oružanih snaga RH i Dubrovačkim simfonijskim orkestrom, sudjelovao je u organizaciji i radu Međunarodne ljetne škole “UZMAH”, te Međunarodnih natjecanja Antonio Janigro, Rudolf Matz i Alfredo Marcosig. Također je surađivao i s uglednim svjetskim glazbenicima: Alice Schoenfeld, Eleonore Schoenfeld, Dora Schwarzberg, Asja Kouchner, Laslo Mezzo, Isaac Shuldman, Csaba Onczay, Michael Kugel, David Grigorjan, Vladimir Perlin, Branko Mihanović, Monika Leskovar, Joanna Sperska, On Mitani, Nikola Ružević, Zoran Jakovčić, Slawomir Grenda, Bill Connor…

Osim u Hrvatskoj, kao dirigent i komorni glazbenik nastupao je u Japanu, Njemačkoj, Austriji, Švicarskoj, Španjolskoj, Sloveniji, Italiji i drugim europskim zemljama.

Dobitnik je Godišnje nagrade Hrvatskog društva glazbenih i plesnih pedagoga za 2009. godinu, a u lipnju 2011. prigodom posjeta Svetoga Oca Benedikta XVI. Hrvatskoj, pripremao je glazbeno oblikovanje liturgijskog slavlja.